我国的清洁生产审核程序主要包括7个阶段、35个步骤：
（1）筹划和组织 
       通过宣传教育使企业领导和员工对清洁生产有一个初步的、正确的认识，消除思想上和观念上的障碍；了解企业清洁生产审核的工作内容、要求及其工作程序。
（2）预评估
       通过对企业全貌进行调查分析，分析和发现清洁生产的潜力和机会，从而确定审核的重点。
（3）评估
       通过审核重点的物料平衡，发现物料流失的环节，找出废弃物产生的原因，查找物料储运、生产运行、管理以及废弃物排放等方面存在的问题,寻找与国内外先进水平的差距，为清洁生产提供依据。
（4）方案的产生和筛选
        通过方案的产生、筛选、研制，为下一阶段的可行性分析提供足够的中/高费清洁生产方案。
（5）可行性分析
        对筛选出来的中/高费清洁方案进行分析和评估，以选择最佳的、可实施的清洁方案。
（6）方案的实施
       通过推荐方案（经分析的中/高费用最佳可行方案）实施，使企业实现技术进步，获得显著的经济和环境效益；通过评估已实施的清洁生产方案成果，激励企业推行清洁生产。
（7）持续清洁生产
       使清洁生产在企业中长期、持续的推行下去。